Con motivo de la implantación en Marín de la Escuela Naval Militar en el ya lejano 1943 , se vio la necesidad de poder contar con un centro escolar que pudiera atender la formación educativa de los hijos de los Jefes, Oficiales, Suboficiales y Marinería destinados en la Escuela Naval y con la suficiente flexibilidad de acogerlos atendiendo las vicisitudes de las carreras profesionales de los padres.
En el año 1953 se lleva a cabo la construcción del Colegio Juan Sebastián Elcano, situado en la calle del mismo nombre de Pontevedra, aledaño a las viviendas de Mollabao y hoy situado en la calle Rosalía de Castro.
Desde el año 1954 y hasta la finalización del curso 2014/2015 la Congregación de las “Discípulas de Jesús” desempeñaba la Dirección Técnica- Pedagógica del centro. En el año 2015 cesa la Congregación por jubilación de las integrantes del Claustro.
La Armada durante ese tiempo asumió el control de la gestión del centro mediante una Junta de Gobierno y Administración compuesta por Oficiales destinados en la Escuela Naval Militar. Desde el cese de la Congregación se hizo necesario modificar el sistema de gestión del Colegio con personal al servicio de la Administración que asumiera los cometidos que venían realizando las “Discípulas de Jesús”.
La Armada se hace cargo de estos cometidos por encontrarse el Colegio dentro de su Organización, corriendo la financiación con cargo a los presupuestos del Estado y estableciendo los mecanismos para adecuar plenamente la gestión administrativa y económica a su naturaleza de centro de carácter privado.
La Ley 39/2007 de 19 de noviembre, en su disposición adicional séptima, establece que dentro del apoyo al personal de las Fuerzas Armadas existirá un sistema de Acción Social complementario de la protección social, en que se desarrollarán programas de formación y de ocio para los militares profesionales y sus familias y otras medidas de bienestar social. Entre estas medidas se consideró continuar facilitando al personal militar destinado en la Escuela Naval Militar y otros ejércitos con base en el área de influencia de Pontevedra, el poder contar con un centro escolar para sus hijos próximo al lugar de trabajo y que permita atender las necesidades escolares derivadas de su alta movilidad geográfica.
El Colegio está reconocido como un centro de enseñanza privada, autorizado por la Consellería de Educación de la Xunta de Galicia para la impartición de las enseñanzas de Primaria y ESO, dependiente de la Junta Superior de Acción Social de la Armada y cuyos cometidos están desempeñados por la Dirección de Asistencia al Personal. Esto permite que la Armada establezca sus propias normas de admisión de alumnos y asegura la escolarización de los hijos del personal destinado en la Escuela Naval Militar.
Desde el inicio de las actividades pedagógicas, los niveles impartidos en el Colegio fueron Educación Infantil y Educación Primaria que posteriormente sería la EGB. A partir del curso 1980/1981 se suprimió la Educación Infantil menos el último año que se mantuvo hasta el curso 1994-95 para ser sustituida definitivamente por la Educación Secundaria Obligatoria . Hasta esa misma fecha (1980/81) el Colegio era exclusivamente masculino, pasando a partir de ese mismo año a ser mixto, lo que supuso un notable aumento del alumnado y la necesidad de contar con un nuevo edificio y un pabellón de deportes.
Además de los hijos del personal de la Armada destinado en la ENM, están escolarizados hijos del personal del Ejército de Tierra, Guardia Civil, y Policía Nacional, así como personal ajeno a las Fuerzas Armadas pero con cierta vinculación a la Armada.